La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, conocidos popularmente como los juaninos, nació en Granada, España, en el año de 1539 luego de que el padre fundador, Juan de Dios, estableciera, allí, sus primeras casas de salud y hospitales dedicados a la atención de enfermos y pobres, financiadas exclusivamente con limosnas y donaciones. Desde ese momento, la iniciativa de Juan de Dios recibe el apoyo y seguimiento de multitud de personas que, contagiadas por su espíritu de caridad, colaboran en el desarrollo de esta obra de Dios, entre ellos quienes se consagraban a la asistencia de los enfermos, más tarde, conocidos como los Hermanos de San Juan de Dios.
Esta fraternidad de hermanos fue aprobada por el papa Pío V en el año de 1572 y reconocida posteriormente como Orden Hospitalaria de San Juan de Dios por el papa Sixto V en 1586 y reconfirmada como tal en el siglo XVII por el papa Pablo V. En el siglo XVII, comienza la expansión de la orden hacia América; así, nacen centros hospitalarios en Cartagena de Indias en el año de 1596, en Portobelo y Cuba en el año de 1603 y en México en el año de 1604, llegando incluso a fundaciones andinas en Santiago de Chile en el año de 1617. Tendremos que considerar que los hijos de Juan de Dios habían llegado con bastante retraso a la Nueva España si consideramos que, desde 1602, tenían las autorizaciones necesarias para embarcarse.
De los 16 religiosos que se embarcaron para el virreinato, solo cuatro llegaron a la capital, los restantes se quedaron en las diversas casas fundadas en Nicaragua y en Cuba. El primero que era responsable del grupo fue fray Cristóbal Muñoz y era originario de Úbeda, “de la edad de 36 años, barbirrojo, lego; pero hombre muy entendido en papeles y negocios”.
Las tres provincias de la Orden Hospitalaria en la América española fueron: la de San Bernardo de Tierra Firme, con residencia en Panamá; la del Espíritu Santo, que correspondía a la Nueva España, Guatemala, Honduras, Nicaragua y las Islas Filipinas, con residencia en México, y la del Arcángel San Rafael.
La historia de los Juaninos en San Juan del Río se remonta con don Tomás Enríquez Rangel, quien hizo una donación en 1661 de 4 mil 85 pesos para construir el hospital y un rebaño de 10 mil ovejas del que provendrían los recursos necesarios para el sostenimiento de este. Las licencias civiles y eclesiásticas fueron otorgadas por el virrey, quien era el conde de Baños y el arzobispo de México, don Mateo Sagada Bugueiro, y, el 22 de octubre de 1662, tres juaninos venidos de los Desamparados se hicieron cargo del hospital recién terminado al que fue otorgado el Real Patronato.
El hospital siempre fue muy pequeño e incluso decayó porque, de seis hermanos y ocho camas que tuvo en sus inicios, en el año de 1774, solo contaba con cuatro hermanos y seis camas. Sin embargo, el humilde establecimiento gozó de buena fama y parece haber superado las crisis del siglo XVIII y la exclaustración, siguiendo como hospital civil hasta mediados del siglo XX. De este convento, debemos destacar su más grande tesoro, que es la venerada imagen de Jesusito de la Portería, tal y como la llaman los sanjuanenses, que le tienen una gran devoción y de la que hablaremos en otra colaboración.