Hablar de la figura del Siervo de Dios, Fray Antonio Margil de Jesús, es hablar de gran parte de la historia de nuestra ciudad y del centro del país, sobretodo en el periodo del virreinato y de la evangelización del nuestra patria. La figura del Fray Antonio incluso destaca en lo que ahora es Centroamérica ya que gracias a él se evangelizo esa zona que en su momento pertenecía al Virreinato de la Nueva España.
Fray Antonio Margil de Jesús nace en Valencia, España, el día 18 de agosto de 1657. Vistió el hábito franciscano a los 18 años de edad en el convento de la Corona, de Valencia, en el que hizo la profesión un año más tarde, tomando el nombre de Antonio por el de Agapito que le habían puesto en el bautismo. Ordenado sacerdote en 1682, residió en los conventos de Onda y Denia, de donde en marzo de 1683 pasó como misionero a las Indias Occidentales. Ya en América, se dedicó con todo el entusiasmo de su juventud y celo religioso a evangelizar a los indígenas, recorriendo a pie, varias veces, gran parte de las Américas central y septentrional, entre Luisiana y Panamá, y cosechando copiosos frutos.
En Querétaro, fue el primer centro de su actividad, si bien pronto comenzó su fabulosa etapa misionera itinerante de más de diez años de duración, que, partió desde México, le llevó a recorrer Guatemala, Honduras, Nicaragua y Costa Rica, pasando más de 40.000 personas los que recibieron de sus manos elsacramento del bautismo.
En el año de 1696 fue nombrado superior del colegio de Querétaro. En 1701 fundó el colegio de Cristo Crucificado de Guatemala; en 1706, cinco años después, el de Nuestra Señora de Guadalupe de Zacatecas; y once años más tarde, en 1717, las misiones de Dolores y Adaes. En todas esas fundaciones demostró sus cualidades de superior modelo y ejemplar. Fruto de sus correrías apostólicas, escribió un Diccionario de muchos dialectos indígenas. Fue notario apostólico, comisario del Santo Oficio y prefecto de las misiones de Propaganda Fide en las Indias Occidentales.
Sus últimos años transcurrieron en los colegios de Querétaro y Zacatecas. Finalmente enfermó y, lleno de méritos, fue llevado a la ciudad de México, donde coronó su medio siglo de apostolado con una muerte santa, acaecida el 6 de agosto de 1726 en el convento de San Francisco el Grande. Introducida su causa de beatificación el 19 de julio de 1769, el papa Gregorio XVI, el 31 de julio de 1836, aprobó las virtudes heroicas de este siervo de Dios.
En el año de 1983, año santo para la iglesia Católica, sus restos fueron exhumados de la capilla de la Purísima Concepción de la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México en donde se encontraban y fueron trasladados al Colegio de Guadalupe en Zacatecas.
Nuestra ciudad de San Juan del Río lo recuerda con la refundación de lo que se conoce ahora como el Monasterio de Nuestra Señora de los Dolores, que popularmente lo llamamos “El Beaterio”, un lugar de religiosas de clausura y de silencio, que ha permanecido por 336 años en el mismo lugar y con la misma congregación con que nació. Durante el traslado de los restos de Fray Antonio Margil en 1983 se hicieron emotivas honras fúnebres en el ahora Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe y en el Templo del Monasterio de Nuestra Señora de los Dolores, el mismo lugar que el visitara siglos antes.