El tren promete impulsar el desarrollo económico del estado y es un atractivo prospecto para las autoridades y constructoras locales. No obstante, la derrama financiera del proyecto, su éxito y funcionalidad pueden verse mermados al no considerar su conexión con el entorno urbano. Se plantea que una estación esté cerca del Aeropuerto Internacional de Querétaro, lo que tiene ventajas, pero la experiencia de sistemas ferroviarios exitosos sugiere que las estaciones deben estar en centros poblacionales. Se ha propuesto la Antigua Estación de Ferrocarril, pero, fuera de su factibilidad técnica, se debe priorizar una conectividad intermodal con el transporte urbano y otras infraestructuras, como lo pueden ser bicicletas públicas o trenes de cercanías que alternen itinerarios con el tren rápido.
Al final, la mejor manera de construir las estaciones del tren México-Querétaro es a través de la integración, tanto de infraestructuras y servicios urbanos como con la diversidad de personas que la usaremos mientras sean accesibles, convenientes y amigables con su entorno y la ciudad.